Uzun yıllardır oluşan bilgi birikimi, tecrübe ve son yapılan klinik çalışmalar ışığında beş uygulama şeklinin geçerliliği kabul edilmiştir.

1.  Majör otohemoterapi  (Hastadan kan alınarak tedavinin yapılması) ; Yöntem bir serum takmak kadar ağrısız ve pratik bir uygulamadır. Geriatride (yaşa bağlı problemler), dolaşım bozukluklarında, yeniden canlanmayı (anti-aging) sağlamak için, viral kökenli hastalıklarda ve genel bağışıklık sistemi aktivasyonu için kullanılır.

Bu metodla, özel steril bir düzenek yardımıyla,50 ila 100 ml  kan yavaşça alınır, tam olarak hesaplanmış dozda ozonla karıştırıldıktan sonra kişiye geri verilir. (steril ozona dayanıklı tek kullanımlık sarf malzemesi kullanılır). Ozon kırmızı ve beyaz kan hücrelerini oluşturan spesifik maddelerle hızla reaksiyona girer, böylece yaşamsal aktivitelerini ve metabolizmayı arttırır. İşte bu aktive edilmiş kan, hastaya hemen aynı düzenek kullanarak tekrar geri verilir.

2.  Aynı prensibi kullanarak, minör otohemoterapi diye adlandırılan yöntemde ise ozonlanmış 10 ml kan intramusküler yolla hastaya geri verilir.

Bu yöntemle spesifik olmayan bağışıklık sistem aktivasyonu yapılır, yani alerjik hastalıklarda ve genel olarak bağışıklık sistemini güçlendirmekte kullanılır.

3.  Eksternal tedavi ozon gazını kapalı bir sistemde özel bir plastik bot (ayaklar ve bacaklar için ) içinde dolaştırarak ya da vücudun farklı bölgelerinde uygun aplikatörler kullanılarak gerçekleştirilir. Bu sarf malzemeleri ozona dayanıklı materyalden yapılır. Vücudun tedavi edilecek kısmı önceden su ile nemlendirilir, çünkü ozon kuru bölgelere etki etmez.

Bu metod ülserleri, yaraları, açık yaraları, ameliyat sonrası oluşan lezyonları, shingles (herpes) ve enfekte olmuş alanları tedavi etmekte çok etkilidir.

Diğer eksternal uygulama yöntemleri; ozonlu saf su (dental tedavilerde) ve ozonlu saf medikal zeytin yağı (cilt eruptionları örneğin egzema, mantar, liken gibi).

4.  Ozon gazının rektal yolla uygulanması kulağa hoş gelmese de o kadar rahatsızlık verici değildir (tıbbi olarak rektal insuflasyon denir). Aslında hasta kesinlıkle hiçbir rahatsızlık hissetmez, çünkü Ozon gazı direkt olarak hassas barsak cidarı (membranı) tarafından emilir; buna ek olarak tüp ve torbalar tek kullanımlık olduğundan tamamen hijyeniktir ve hasta kendi kendine uygulayabilir.

Bu metod genelde barsakların enflamatuar hastalıklarında kullanılır. Ancak son zamanlarda daha az invaziv olmasından dolayı genel sağlık ve yeniden canlanma için de kullanılmaktadır.

5.  Ozonun eklem içi enjeksiyonu (intra artikuler yolla ozon verilmesi); adından da anlaşılacağı gibi ozon gazı (Uzman doktor tarafından), yavaşca eklem içine enjekte edilir.